Antibiotica raken niet alleen schadelijke bacteriën, maar ook je goede darmflora, en herstel daarvan kan weken tot maanden duren. Bij herhaald gebruik kan het langer duren voordat de balans terug is.
Gericht ondersteunen van je microbioom na een kuur kan het herstel wel versnellen: vezelrijke voeding zoals haver, peulvruchten en groente geeft je bacteriën voeding om zich te herstellen, en gefermenteerde producten zoals yoghurt, kefir of zuurkool leveren nieuwe bacteriestammen aan. Een probioticum tijdens en kort na de kuur (met minimaal enkele uren tussen de antibioticum-inname en het probioticum) kan bijdragen aan sneller herstel, zeker bij herhaald antibioticagebruik.